La bataille de Corrin, conclusion de la guerre des Machines, a mis fin au règne et même à l’existence des Machines pensantes qui ont menacé d’asservir puis de détruire l’humanité. Il en a résulté l’interdiction absolue de construire des intelligences artificielles, interdiction consignée dans la Bible catholique orange sous la forme : « Tu ne feras point de machine à l’esprit de l’homme semblable. » Allant plus loin, le mouvement butlérien, sous la conduite de Manford Torondo, a entrepris de détruire toutes les formes de technologies dangereuses, bien au-delà des seules machines pensantes.

Du coup, l’humanité subit de profondes transformations. Par passion ou par intérêt, des groupes humains vont entreprendre de se doter des capacités autrefois assurées par des machines. L’ordre des Mentats, pour sa part, créé par Gilbertus Albans, a choisi de s’allier au mouvement butlérien.

Un entraînement spécial, formant à la logique la plus poussée dès l’enfance, et assisté d’une drogue, permet à certains hommes de devenir des « ordinateurs humains ». Mais Gilbertus Albans lui-même se trouve dans une situation difficile : s’il a rejoint un temps le jihad butlérien, il s’oppose à la politique du chef du mouvement, Manford Torondo, qui, devenu fou, veut abolir toute science.

De son côté, et pour équilibrer la puissance des Mentats masculins, la mère supérieure Raquella tente de reconstruire son École des soeurs avec l’aide de son élève la plus douée, Valya Harkonnen, qui poursuit aussi un autre but : tirer vengeance de Vorian Atreides, héros légendaire du jihad butlérien qu’elle tient pour responsable de la déchéance de sa famille. Ainsi naît le Bene Gesserit qui va se doter d’un programme secret : donner naissance, par sélection génétique, au Kwisatz Haderach qui maîtrisera tous les possibles de l’avenir.

Les trois ordres en cours de constitution, Bene Gesserit, Mentats et Navigateurs, qui ont pour but commun d’améliorer l’espèce humaine et de libérer ses potentiels insoupçonnés, vont-ils unir leurs forces pour s’opposer aux fanatiques butlériens ou s’opposer les uns aux autres au risque de se détruire ?