Rome, hiver 1514. À quelques jours de Noël, le corps d’un jeune homme horriblement décapité est découvert sur la colonne de Marc Aurèle. Une inscription au sang signe le crime:  » Eum qui peccat… « ,  » Celui qui pèche… « .
Guido Sinibaldi, jeune étudiant en médecine, s’intéresse à l’affaire. À l’hôpital San Spirito, il rencontre Léonard de Vinci, appelé là pour examiner le cadavre. Le peintre a alors soixante-deux ans. Il vit au Vatican depuis quelques mois où il a rejoint son protecteur, Julien de Médicis, et s’occupe à des travaux d’architecture, d’optique, d’anatomie. La cruauté et le raffinement du crime, le message énigmatique réveillent son goût des énigmes : il suit Guido sur le lieu du crime et conclut que le meurtrier ne s’en tiendra pas là…
Quelques jours plus tard, un vieillard est retrouvé mort sur le Forum, nu et attaché aux barreaux d’une échelle. Celle-ci est appuyée contre la colonne de Phocas. Léonard détecte l’indice : la colonne de Trajan contiendrait-elle aussi de sinistres traces ?
Une tête horriblement tuméfiée l’y attend, et la fin du message,
 » … Deus castigat « ,  » …Dieu le punit « .
La peur s’empare de la cité… Complot, folie criminelle ou châtiment divin ? Le pape lui-même suit l’affaire. Au Vatican, on parle de la disparition d’un objet de la plus haute importance. Et les crimes continuent, un quatrième, un cinquième, un sixième…
Léonard et Guido mènent l’enquête, guidés par les détails lugubres dont l’assassin entoure les victimes comme autant d’indices d’un machiavélique jeu de piste. Machiavélique ou pictural ? Une intuition du Vinci conduit le jeune étudiant à une gravure de Bosch qui représente tous les meurtres, et en annonce un septième. Précéderont-ils le meurtrier ?